Los filtros biológicos percoladores son estructuras cilíndricas de hormigón construidas sobre tierra, de aproximadamente 4 m de altura, con un medio filtrante de piedra pómez, pierdra de lava, grava o plástico, por donde percola el agua residual desde arriba hacia abajo. En la parte superior se construye un sistema de distribución del agua residual, la que distribuye uniformemente el agua sobre el filtro. En la parte inferior se disponen aberturas u orificios para que circule el aire por efecto chimenea ayudando a la descontaminación.

En le medio filtrante se forma un bioflime que es el que descontamina el agua residual. Desde la base del biofiltro se conduce el agua hacia los clarificadores. Los filtros alcanzan un grado de depuración de DBO del 75-90 % y están en la capacidad de nitrificar el agua residual.